L'audit fonctionnel a pour but d'identifier les tâches que les utilisateurs ne peuvent pas (ou mal) accomplir avec le système et de les trier par ordre d'importance. Il repose sur l'analyse :
- des objectifs (commerciaux, de communication ou de productivité) du système,
- du comportement des utilisateurs,
- des commentaires et avis des utilisateurs,
- du comportement de l'application en situation,
- du respect des standards d'ergonomie,
- de la gestion des erreurs,
- de l'architecture et l'accessibilité de l'information,
- de l'attractivité du système.
L'origine ou la résolution des problèmes peuvent être organisationnel, ergonomique ou technique. Le rapport d'audit fonctionnel liste les points de blocage et propose des solutions correctives, généralement non techniques, de premier niveau.
Dans le cas d'un site web, l'audit fonctionnel intègre un audit de l'environnement :
- visibilité dans les moteurs de recherches (référencement),
- analyse de l'origine du trafic,
- qualité, pertinence et pérennité de l'information
- communication web faite autour du site, les citations par les médias en ligne et les blogs...